MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Chlamydia trachomatis B/TZ1A828/OT chromosome

Total Repeats: 20155

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_012687	AGG	2	6	18	23	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	237804349
2	NC_012687	GGAT	2	8	57	64	25 %	25 %	50 %	0 %	237804349
3	NC_012687	GAA	2	6	87	92	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	237804349
4	NC_012687	GTTC	2	8	109	116	0 %	50 %	25 %	25 %	237804349
5	NC_012687	GTA	2	6	131	136	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	237804349
6	NC_012687	AGT	2	6	162	167	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	237804349
7	NC_012687	GA	3	6	206	211	50 %	0 %	50 %	0 %	237804349
8	NC_012687	GCGT	2	8	294	301	0 %	25 %	50 %	25 %	237804349
9	NC_012687	AAG	2	6	318	323	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	237804349
10	NC_012687	CAA	2	6	332	337	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	237804349
11	NC_012687	AGT	2	6	358	363	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	237804349
12	NC_012687	GTG	2	6	374	379	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	237804349
13	NC_012687	CAG	2	6	404	409	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	237804349
14	NC_012687	AGTG	2	8	535	542	25 %	25 %	50 %	0 %	237804349
15	NC_012687	TGGC	2	8	569	576	0 %	25 %	50 %	25 %	237804349
16	NC_012687	GCC	2	6	592	597	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	237804349
17	NC_012687	TGC	2	6	651	656	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	237804349
18	NC_012687	ATT	2	6	663	668	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	237804349
19	NC_012687	CGA	2	6	685	690	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	237804349
20	NC_012687	TC	3	6	813	818	0 %	50 %	0 %	50 %	237804349
21	NC_012687	TAT	2	6	827	832	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	237804349
22	NC_012687	AG	3	6	835	840	50 %	0 %	50 %	0 %	237804349
23	NC_012687	GAA	2	6	874	879	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	237804349
24	NC_012687	AGA	2	6	903	908	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	237804349
25	NC_012687	AGA	2	6	957	962	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	237804349
26	NC_012687	CAA	2	6	1030	1035	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	237804349
27	NC_012687	AATG	2	8	1054	1061	50 %	25 %	25 %	0 %	237804349
28	NC_012687	TTG	2	6	1173	1178	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	237804349
29	NC_012687	CTC	2	6	1202	1207	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	237804349
30	NC_012687	GAT	2	6	1264	1269	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	237804349
31	NC_012687	GAT	2	6	1318	1323	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	237804349
32	NC_012687	GAAGGA	2	12	1348	1359	50 %	0 %	50 %	0 %	237804349
33	NC_012687	ATG	2	6	1381	1386	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	237804349
34	NC_012687	CTAT	2	8	1388	1395	25 %	50 %	0 %	25 %	237804349
35	NC_012687	CCT	2	6	1540	1545	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	237804349
36	NC_012687	CTT	2	6	1601	1606	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	237804349
37	NC_012687	CAG	2	6	1666	1671	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	237804349
38	NC_012687	TGA	2	6	1727	1732	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	237804349
39	NC_012687	ATG	2	6	1924	1929	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	237804350
40	NC_012687	GTG	2	6	1930	1935	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	237804350
41	NC_012687	TCC	2	6	1939	1944	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	237804350
42	NC_012687	AGC	2	6	1953	1958	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	237804350
43	NC_012687	T	6	6	1972	1977	0 %	100 %	0 %	0 %	237804350
44	NC_012687	AGC	2	6	1980	1985	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	237804350
45	NC_012687	AAG	2	6	1991	1996	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	237804350
46	NC_012687	TAC	2	6	2029	2034	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	237804350
47	NC_012687	GCT	2	6	2039	2044	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	237804350
48	NC_012687	AGTA	2	8	2077	2084	50 %	25 %	25 %	0 %	237804350
49	NC_012687	AAC	2	6	2137	2142	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	237804350
50	NC_012687	AGA	2	6	2149	2154	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	237804350
51	NC_012687	AGA	2	6	2405	2410	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	237804351
52	NC_012687	ATC	2	6	2412	2417	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	237804351
53	NC_012687	TGC	2	6	2432	2437	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	237804351
54	NC_012687	ATGA	2	8	2481	2488	50 %	25 %	25 %	0 %	237804351
55	NC_012687	GATA	2	8	2519	2526	50 %	25 %	25 %	0 %	237804351
56	NC_012687	CAT	2	6	2556	2561	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	237804351
57	NC_012687	AGA	2	6	2585	2590	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	237804351
58	NC_012687	AAG	2	6	2614	2619	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	237804351
59	NC_012687	GGA	2	6	2649	2654	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	237804351
60	NC_012687	AG	3	6	2741	2746	50 %	0 %	50 %	0 %	237804352
61	NC_012687	ATC	2	6	2778	2783	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	237804352
62	NC_012687	TTTC	2	8	2816	2823	0 %	75 %	0 %	25 %	237804352
63	NC_012687	ATA	2	6	2928	2933	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	237804352
64	NC_012687	AAC	2	6	2953	2958	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	237804352
65	NC_012687	GGT	2	6	3007	3012	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	237804352
66	NC_012687	AAT	2	6	3113	3118	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	237804352
67	NC_012687	TTC	2	6	3148	3153	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	237804352
68	NC_012687	GCA	2	6	3167	3172	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	237804352
69	NC_012687	GGA	2	6	3215	3220	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	237804352
70	NC_012687	CAG	2	6	3234	3239	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	237804352
71	NC_012687	GTT	2	6	3251	3256	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	237804352
72	NC_012687	GGT	2	6	3343	3348	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	237804352
73	NC_012687	GA	3	6	3409	3414	50 %	0 %	50 %	0 %	237804352
74	NC_012687	T	6	6	3416	3421	0 %	100 %	0 %	0 %	237804352
75	NC_012687	AAG	2	6	3501	3506	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	237804352
76	NC_012687	ATT	2	6	3563	3568	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	237804352
77	NC_012687	TTG	2	6	3615	3620	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	237804352
78	NC_012687	CATG	2	8	3697	3704	25 %	25 %	25 %	25 %	237804352
79	NC_012687	AAG	2	6	3726	3731	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	237804352
80	NC_012687	AAG	2	6	3741	3746	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	237804352
81	NC_012687	CAG	2	6	3783	3788	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	237804352
82	NC_012687	GCT	2	6	3854	3859	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	237804352
83	NC_012687	TGTGA	2	10	3869	3878	20 %	40 %	40 %	0 %	237804352
84	NC_012687	TTCC	2	8	4002	4009	0 %	50 %	0 %	50 %	237804352
85	NC_012687	AAG	2	6	4020	4025	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	237804352
86	NC_012687	CAG	2	6	4070	4075	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	237804352
87	NC_012687	GGA	2	6	4157	4162	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	237804352
88	NC_012687	AAT	2	6	4167	4172	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	237804352
89	NC_012687	TTGAA	2	10	4225	4234	40 %	40 %	20 %	0 %	237804353
90	NC_012687	ATT	2	6	4247	4252	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	237804353
91	NC_012687	TGA	2	6	4277	4282	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	237804353
92	NC_012687	TTTA	2	8	4400	4407	25 %	75 %	0 %	0 %	237804353
93	NC_012687	GTA	2	6	4509	4514	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	237804353
94	NC_012687	GAGAA	2	10	4519	4528	60 %	0 %	40 %	0 %	237804353
95	NC_012687	AGA	2	6	4556	4561	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	237804353
96	NC_012687	ATCC	2	8	4700	4707	25 %	25 %	0 %	50 %	237804353
97	NC_012687	GAA	2	6	4740	4745	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	237804353
98	NC_012687	CGT	2	6	4872	4877	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	237804353
99	NC_012687	A	7	7	4916	4922	100 %	0 %	0 %	0 %	237804353
100	NC_012687	GTT	2	6	4923	4928	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	237804353
101	NC_012687	GAAAA	2	10	4956	4965	80 %	0 %	20 %	0 %	237804353
102	NC_012687	A	7	7	4962	4968	100 %	0 %	0 %	0 %	237804353
103	NC_012687	TGA	2	6	5060	5065	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	237804353
104	NC_012687	AT	3	6	5102	5107	50 %	50 %	0 %	0 %	237804353
105	NC_012687	TTACA	2	10	5111	5120	40 %	40 %	0 %	20 %	237804353
106	NC_012687	TTG	2	6	5155	5160	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	237804353
107	NC_012687	TTC	2	6	5296	5301	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	237804353
108	NC_012687	TCT	2	6	5388	5393	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	237804353
109	NC_012687	AGA	2	6	5408	5413	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	237804353
110	NC_012687	GTT	2	6	5435	5440	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	237804353
111	NC_012687	GACG	2	8	5447	5454	25 %	0 %	50 %	25 %	237804353
112	NC_012687	GGT	2	6	5483	5488	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	237804353
113	NC_012687	AAAGCT	2	12	5529	5540	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	237804353
114	NC_012687	TTGG	2	8	5550	5557	0 %	50 %	50 %	0 %	237804353
115	NC_012687	CTC	2	6	5587	5592	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	237804353
116	NC_012687	AGC	2	6	5618	5623	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	237804353
117	NC_012687	ATT	2	6	5737	5742	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	237804354
118	NC_012687	TCT	2	6	5755	5760	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	237804354
119	NC_012687	GCT	2	6	5801	5806	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	237804354
120	NC_012687	GTCTT	2	10	5807	5816	0 %	60 %	20 %	20 %	237804354
121	NC_012687	GAT	2	6	5836	5841	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	237804354
122	NC_012687	TC	3	6	5852	5857	0 %	50 %	0 %	50 %	237804354
123	NC_012687	GA	3	6	5863	5868	50 %	0 %	50 %	0 %	237804354
124	NC_012687	ACG	2	6	5874	5879	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	237804354
125	NC_012687	GAA	2	6	5898	5903	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	237804354
126	NC_012687	TGGA	2	8	5911	5918	25 %	25 %	50 %	0 %	237804354
127	NC_012687	AT	3	6	5967	5972	50 %	50 %	0 %	0 %	237804354
128	NC_012687	AGA	3	9	5975	5983	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	237804354
129	NC_012687	GCT	2	6	5984	5989	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	237804354
130	NC_012687	AGA	2	6	5993	5998	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	237804354
131	NC_012687	TGG	2	6	6029	6034	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	237804354
132	NC_012687	AGA	3	9	6047	6055	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	237804354
133	NC_012687	GGA	2	6	6056	6061	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	237804354
134	NC_012687	TG	3	6	6120	6125	0 %	50 %	50 %	0 %	237804354
135	NC_012687	T	6	6	6198	6203	0 %	100 %	0 %	0 %	237804354
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257	NC_012687	GTTT	2	8	13161	13168	0 %	75 %	25 %	0 %	237804361
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